Laguna och hans polare får man spela 10 år innan du spelar Squall o de andra. De är Galbadian soldater som attackerade Timber för 10 år sedan och Laguna är kär i Julia och hon är kär i Laguna. Laguna är sällan hemma pga sitt jobb så Julia träffar en annan, General Caraway. De får en dotter som heter Rinoa och fostrar henne.
Laguna skadas senare och folket i byn Windhill tar hand om honom och speciellt Raine och hennes dotter Ellone. Laguna lämnar staden då Ellone försvinner till Esthar och under tiden dör Raine. I Esthar träffar han på en kille i en motståndsrörelse mot Adel. Laguna blir ledare för denna och de lyckas hitta Ellone och avsätta Adel. Hon spärras in och skickas ut i rymden där en rymdstation byggs för att bevaka graven.
Squall och hans kamrater är alla föräldralösa, utom Rinoa, och de fostras alla, utom Rinoa, på Matrons barnhem. En dag när barnen bara är några år gamla så kommer en häxa fram till Matron och dör, Matron får stora krafter då häxan var Ultimecia som kom från framtiden.
Matron och hennes man Cid bildar special gruppen SeeD inom Garden som ska utrota häxor och då med andra ord henne själv då Matron blir Edea. Barnen börjar på Balamb Garden utom Irvine och Selphie som hamnar på Galbadia respektive Trabia garden.
Cirka 10 år senare så träffas alla och de stöter på Rinoa i Timber under ett uppdrag. De ska störta häxan Edea som har fått eran barndomskompis Seifer under sin kontroll. Senare så lyckas ni besegra Edea och Rinoa får alla hennes krafter och ni beger er till Esthar för att rädda Rinoa som fallit i koma. Edea som nu blivit snäll följer er till Esthar. Squall tar Rinoa upp till rymdbasen där Rinoa blir konstig och släpper lös Adel ur hennes grav. Galbadian army har på jorden grävt upp Lunatic Pandora ur havets botten där den för länge sedan begravdes utav doc Odine och Laguna. De styr den till Tears point och en stark dragningskraft mellan Lunatic Pandora och månen bildas. Där börjar monster bilda en stor tår, Lunar cry, som faller mot jorden och tar Adels grav med sig ner till Lunatic Pandora.
Rinoa svävar iväg hjälplöst ut i rymden fast Squall har starka känslor för henne, kärlek, så han kastar sig ut i rymden mot en säker död fast lyckas rädda Rinoa och ta sig till jorden. Rinoa tillfångatas som häxa och ska nu spärras in fast Squall trotsar detta och räddar henne igen och alla drar till Esthar för att möta presidenten.
Presidenten är Laguna som har basat över Esthar i cirka 10 år och det är därför som Esthar soldater sökt Ellone eftersom Laguna ville skydda henne. Laguna och doktor Odine har en plan på att besegra Adel och Ultimecia. Squall och de andra bordar Lunatic Pandora där Seifer tar Rinoa och får henne och Adel att gå tillsammans. När Adel besegrat så skickar Ellone iväg Rinoa till framtiden där hon överlämnar krafterna till Ultimecia och sedan kommer tillbaka. Nu påbörjas kompressionen av tiden och alla tid blir en och ni kommer till framtiden. Framtidens SeeD, era avkommor, strider fortfarande mot Ultimecia och ni tar er till henne och dödar henne en gång för alla.
Fast i denna komprimerade tid så hamnar Ultimecia på den plats för 10 år sedan då Squall och de andra var små och lämnar sina krafter till Matron, den framtida Edea.
När Laguna var i Esthar för 10 år sedan så höll Odine på att forska på Ellone och hennes förmåga att flytta folk bak i tiden. Hans forskning leder några år senare till att en maskin byggs och i Ultimecias tid så är denna maskin färdig utvecklad och hon kan blicka tillbaks i tiden och får då reda på Ellone och hennes riktiga, starka, sanna krafter och naturligtvis vill hon ha dem. Eftersom hon har kontroll över Edea, sedan hon stupade vid hennes fötter långt innan sin egen födelse, så använder hon henne och Adel att få tag i Ellone så att hon med Ellones hjälp kan komprimera tiden.
Detta var handlingen genom spelet, om man funderar lite på den så blir man nästan lite galen eftersom allt kommer fortsätta att gå runt och runt igen utan att någonsin sluta. Vems fel är det? Är det Raine som födde Ellone eller Laguna som räddade dem från monster? Eller är det Odines som forskade på Ellone? Eller kanske han som byggde klart maskinen så att Ultimecia kunde se tillbaka i tiden? Vem vet, man kan antagligen inte ändra utkomsten utav allt, framförallt då ingen utav dem vet vad som har hänt och kommer att hända.
